染色質(zhì)免疫沉淀(Chromatin Immunoprecipitation，chip)被用來研究細胞內(nèi)DNA與蛋白質(zhì)相互作用，具體來說就是確定特定蛋白(如轉(zhuǎn)錄因子)是否結(jié)合特定基因組區(qū)域(如啟動子或其它DNA結(jié)合位點)——可能定義順反組。ChIP還被用來確定基因組上與組蛋白修飾相關(guān)的特定位點(即組蛋白修飾酶類的靶標)。一般認為這些DNA順序在活體內(nèi)與所研究蛋白結(jié)合，ChIP是目前唯一研究體內(nèi)DNA與蛋白質(zhì)相互作用的方法。

如上圖所示，細胞裂解液里的蛋白和相關(guān)染色質(zhì)暫時結(jié)合;DNA-蛋白復(fù)合物被剪切，與所研究蛋白相關(guān)的DNA片斷被選擇性免疫沉淀;相關(guān)DNA片斷被純化，順序被測定。

ChIP是在活細胞狀態(tài)下固定蛋白質(zhì)-DNA復(fù)合物，并將其隨機切斷為一定長度范圍內(nèi)的染色質(zhì)小片段，然后通過免疫學(xué)方法沉淀此復(fù)合體，特異性地富集目的蛋白結(jié)合的dna片段，通過對目的片斷的純化與檢測，從而獲得蛋白質(zhì)與DNA相互作用的信息。CHIP不僅可以檢測體內(nèi)反式因子與DNA的動態(tài)作用，還可以用來研究組蛋白的各種共價修飾與基因表達的關(guān)系。而且，CHIP與其他方法的結(jié)合，擴大了其應(yīng)用范圍：CHIP與基因芯片相結(jié)合建立的CHIP-on-chip方法已廣泛用于特定反式因子靶基因的高通量篩選;CHIP與體內(nèi)足跡法相結(jié)合，用于尋找反式因子的體內(nèi)結(jié)合位點;RNA-CHIP用于研究RNA在基因表達調(diào)控中的作用。由此可見，隨著CHIP的進一步完善，它必將會在基因表達調(diào)控研究中發(fā)揮越來越重要的作用。