為了使石蠟能夠浸入到組織塊內，必須經過一種既能與脫水劑混合，又能與石蠟相溶的媒介物質，這個過程稱透明。目前最好的透明劑是二甲苯。很多人認為二甲苯極容易使組織發(fā)脆，這個觀點并不正確，在固定充分、脫水徹底的情況下，二甲苯并不會引起組織發(fā)脆，相反會使某些組織結構比較質韌的組織（比如子宮肌瘤等）由于透明充分而變的更好切。而所謂的發(fā)脆，往往是組織浸蠟充分，使組織恢復到其原有的質地，在蠟塊冰凍的情況下產生的，如果用冰水或常溫切片，就不會有脆的現(xiàn)象。所以二甲苯透明（2道）各30-60分鐘，如果有時間，時間可以更長，透明充分，蠟也能浸的更充分，那怕就是透明過夜，甚至60度過夜也沒有問題。但如果組織內有極少量水份且組織較小或較薄時，二甲苯在高溫下將水“析”出或水份揮發(fā)，在此過程中可能會導致組織干烤，從而導致組織發(fā)硬（具體原因不明）。

組織透明后，在熔化的石蠟內浸漬的過程稱為浸蠟。目的為了使石蠟滲透到組織中去。浸蠟溫度過高（超過60℃），如果小組織內含有少量水份，會導致小組織發(fā)硬，還會使組織內的抗原受到破壞；所以浸蠟用的石蠟熔點應該在54-56℃左右（三道），時間：第一道：石蠟30分鐘；第二道：石蠟60分鐘；第三道：石蠟，90分鐘以上。浸蠟溫度控制在56～58℃左右。（第一道也可用硬脂酸石蠟1：3混合浸蠟，不僅可軟化組織，特別適用于比較韌、硬的組織，而且由于硬脂酸是弱酸性的，染色后核漿比比較鮮明，缺點是容易脫片，疏松組織在展片時容易散開，所以要用后面幾道石蠟盡可能將硬脂酸洗凈。所以一般不要使用此法）。用開放式的脫水機最好每天打開第一道石蠟的蓋子，讓二甲苯揮發(fā)掉。浸蠟用的石蠟如有雜質應該過濾，以防吸入組織內，造成切片刀刀口受損，或切片破碎和劃痕增多。